提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
高水平对外开放为世界提供新机遇******
作者:赵瑾(中国社会科学院习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心研究员、中国社会科学院财经战略研究院研究员)
开放是人类文明进步的重要动力,是世界繁荣发展的必由之路。习近平主席在第五届中国国际进口博览会开幕式上强调:“我们要以开放纾发展之困、以开放汇合作之力、以开放聚创新之势、以开放谋共享之福,推动经济全球化不断向前,增强各国发展动能,让发展成果更多更公平惠及各国人民。”
党的十八大以来,在以习近平同志为核心的党中央坚强领导下,我国顺应经济全球化大势,坚定不移推进高水平对外开放,积极融入世界经济,对外开放取得了一系列突破性进展和标志性成果。外贸发展成就斐然,引进外资和对外投资发展成果显著,全方位对外开放格局加快形成,自由贸易试验区和自由贸易港建设稳步推进,全球经济合作网络持续拓展。面对世界百年未有之大变局加速演进、世界经济复苏动力不足等态势,中国正在不断以自身新发展为世界提供新机遇,推动建设开放型世界经济。
第一,实行更加积极主动的对外开放,为世界提供中国大市场机遇。
对外开放是我国的基本国策,超大规模市场是我国的显著优势。党的十八大以来,我们实行更加积极主动的开放战略,构建面向全球的高标准自由贸易区网络,加快推进自由贸易试验区、海南自由贸易港建设,共建“一带一路”成为深受欢迎的国际公共产品和国际合作平台。截至目前,我国已与26个国家和地区相继签署了19个自贸协定,推动《区域全面经济伙伴关系协定》(RCEP)生效实施。扩大优质产品进口,举办世界上第一个以进口为主题的国家级展会,进博会成为促进世界各国创新合作的重要平台。不久前闭幕的第五届中国国际进口博览会上,145个国家、地区和国际组织参展;284家世界500强和行业龙头企业参展;意向成交金额735.2亿美元,比上届增长3.9%。进博会已经成为中国构建新发展格局的窗口、推动高水平开放的平台、全球共享的国际公共产品。
面向未来,我们将坚持以人民为中心,继续提高人民生活水平,使中等收入群体在未来15年超过8亿,推动超大规模市场不断发展,以国内大循环吸引全球资源要素,增强国内国际两个市场两种资源联动效应,提升贸易投资合作质量和水平。可以说,“中国大市场”正在成为“世界大机遇”。
第二,促进深层次改革的制度型开放,为世界提供中国制度型开放机遇。
稳步扩大规则、规制、管理、标准等制度型开放,是我国进一步推进高水平对外开放的重要方向。党的十八大以来,我国大幅度放宽市场准入,不断推动制度型开放。2013年以来,我国已设立21个自由贸易试验区和1个自由贸易港,覆盖东中西部和东北地区,形成了一大批可复制可推广的制度创新成果,例如,外商投资负面清单、国际贸易“单一窗口”、“证照分离”等。我国已成为140多个国家和地区的主要贸易伙伴,货物贸易总额居世界第一,吸引外资和对外投资居世界前列,形成更大范围、更宽领域、更深层次对外开放格局。
面向未来,锚定“更高水平开放型经济新体制基本形成”这个目标,我国将对标高标准国际经贸规则,合理缩减外资准入负面清单,依法保护外商投资权益,营造市场化、法治化、国际化一流营商环境;实施好新版《鼓励外商投资产业目录》,引导外资更多投向先进制造、现代服务、高新技术、绿色低碳、数字经济等领域和中西部地区;深化国家服务业扩大开放综合示范区建设,健全跨境服务贸易负面清单管理制度,建设国家服务贸易创新发展示范区;建立数据资源产权、交易流通、跨境传输、安全保护等基础制度和标准规范。从商品和要素流动型开放转向规则、规制、管理、标准等制度型开放,这将为世界提供中国制度型开放机遇。
第三,奉行互利共赢的开放战略,为世界提供深化国际合作机遇。
党的十八大以来,我国积极参与联合国、二十国集团、世界贸易组织、亚太经济合作组织、上海合作组织等机制合作,加强与世界各国的经贸联系。共建“一带一路”走深走实。我国积极发展与“一带一路”沿线国家的经济合作伙伴关系,共同打造政治互信、经济融合、文化包容的利益共同体、责任共同体和命运共同体。截至2021年末,我国已与170多个国家和国际组织签署了200多份共建“一带一路”合作文件,共建“一带一路”成为深受欢迎的国际公共产品和国际合作平台。党的二十大报告提出,“中国坚持经济全球化正确方向,推动贸易和投资自由化便利化,推进双边、区域和多边合作,促进国际宏观经济政策协调,共同营造有利于发展的国际环境,共同培育全球发展新动能”“中国愿加大对全球发展合作的资源投入,致力于缩小南北差距,坚定支持和帮助广大发展中国家加快发展”。
面向未来,我们将全面深入参与世界贸易组织改革谈判,积极推进加入《全面与进步跨太平洋伙伴关系协定》和《数字经济伙伴关系协定》,扩大面向全球的高标准自由贸易区网络,坚定支持和帮助广大发展中国家加快发展。这些都将进一步推动贸易和投资自由化便利化,促进国际宏观经济政策协调,以推动各国各方共享深化国际合作机遇,共同培育全球发展新动能。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)